在费了九牛二虎之力好不容易打败了神秘客之后，蜘蛛侠彼得·帕克（汤姆·赫兰德 Tom Holland 饰）却被濒死之际的神秘客揭露了真实身份。随后主流媒体对超能力者滥用权力造成普通平民生活无数困扰的行为大加挞伐，一时间彼得的生活乱作一团，甚至影响到了MJ（赞达亚 Zendaya 饰）和好朋友内德（雅各布·巴特朗 Jacob Batalon 饰）的生活。备受困扰的彼得找到了奇异博士（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 饰），希望对方施展一条能够让世人忘记他真实身份的咒语。谁知乱中出错，这条咒语将其他宇宙中认识彼得·帕克的人陆续带来，其中包括章鱼博士、绿魔、沙人等其他蜘蛛侠的死对头。　　担心这些“对手”回到各自宇宙后迎来灭亡的命运，彼得决定拯救他们，却无意中带来让他无法承受的因果……

在与灭霸史诗般的战争结束后，地球似乎暂时回归和平。皮特（汤姆·赫兰德 Tom Holland 饰）回到了校园生活之中，他和好友相谈甚欢，并且有了心仪的女孩，然而内心最深处依然放不下对钢铁侠的追悼缅怀。去往欧洲游学的路上，皮特试图找机会和个性女孩米歇尔（赞达亚 Zendaya 饰）表白，谁知接连出现的元素怪兽打乱了他的表白计划。在这一过程中，与神盾局合作的神秘客（杰克·吉伦哈尔 Jake Gyllenhaal 饰）挺身而出，击退怪兽。自感不堪大任的皮特谢绝了尼克·弗瑞（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰），情愿将钢铁侠继承者的重任交到神秘客手中。　　令他意想不到的是，更可怕的危机接二连三袭来……