该动画片讲述的是三年级小学生小米有许多烦恼和愿 望，他独自对着星空许下心愿，被偶然路过的流 星型宇宙人阿哟听到。阿哟拥有在各个星球之间 瞬间穿梭的能力，可以帮助别人实现不同的愿 望。小米把阿哟当作伙伴带回自己的家。从此， 三年级小学生小米的生活开始变得不再平凡，阿 哟通过自己的超能力，穿梭于宇宙之间，不断帮 助小米实现各种小小心愿。

神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。